灭族之夜，
三代火影的直属暗部和团藏的根组织进入了一级戒备状态，
又进入了宇智波一族的贫民区开始行动，
而带土则杀进了警务部队。
年幼的佐助在回到家后发现父母被哥哥所杀，
而鼬也用幻术让佐助看到了自己的灭族行动，
并声称这是为了测试佐助的器量，
等佐助拥有万花筒写轮眼后就可以来找自己复仇。
鼬对着佐助留下一句愚蠢的臭弟弟后飘然离去佐助却晕了过去。
在鼬和带土的灭族行动之后，
木叶暗部和团藏的根组织开始出发，
暗部前往了宇智波一族的贫民区，
而根组织则前往了木叶警务部队。
宇智波一族的写轮眼被带土和团藏瓜分，
等三代火影赶到的时候，
宇智波一族仅剩佐助一个幸存者，
三代下令保护幸存者并回收所有遗体。
此时团藏出现告诉众人灭族元凶和杀害宇智波止水之人就是宇智波鼬。
在这样的惨剧发生后，
三代和团藏产生了分歧，
团藏认为让宇智波鼬去杀自己的族人真是一招妙棋，
三代却认为这样的行为让木叶有苦难言。
因团藏下令让鼬干出灭族之事，
团藏被三代解除了辅佐火影一职，
根组织也被解散。
但此时的鼬并未离去，
他混在暗部中接近团藏，
并警告团藏不要对佐助出手，
否则就会把木叶的情报透露给敌国。
接着又暗中去见了三代火影袁飞日斩，
三代告诉鼬已经把他列入通缉名单定为级叛忍。
木叶将不计生死逮捕宇智波鼬，
同时三代也承诺保护佐助的安全。
之后宇智波鼬加入晓组织代号为朱。
宇智波被灭族，
可以说从二代火影扉间时期就埋下了祸根。
作为担任木叶警务部队的宇智波一族常年位高权重从而变得骄纵，
而惩戒罪犯也容易招人嫉恨。
当然作为因陀罗的后代宇智波一族所拥有的情感缺陷易走极端或者说是傲慢，
让宇智波一族最终葬送了自己。
宇智波鼬是一个真正的藏身于黑暗的忍者，
他忠诚于木叶，
深爱着弟弟佐助，
不惜背上灭族叛忍之名也要保护弟弟。
即使是被秽土转生后，
他也在用自己的方式表达着对弟弟的爱。
当然在某种程度上来说鼬不算是个特别成功的哥哥，