?西历2000年9月13日“第二次冲击”发生。
在南极大陆上发生了一起给地球带来巨大浩劫的异变。立时，海面水位上升，地轴扭曲，天灾四起，经济瓦解……几日内，世界人口锐减了二分之一……
南极，成为了宁静的残亡地域。
人类，并未象恐龙那样灭绝，但复兴的工作，却无比严峻。饱受了惊惶与疲劳的人们，将这场灾难沉重的浩劫，称之为“第二次冲击。”
不过具体原因普通民众却知道不了了，毕竟有些东西不适合平民去太过了解。
时光飞逝，岁月如梭，转眼间元守来到EVA世界已经两年多了，之前所设定的时间有些差距，本身按元守的计划，应该是在第二次冲击前后进入这个世界的，不过进来之后却发现，第二次冲击已经过去五年了。
也就是说，元守所在的时间其实比较空洞了，在原作中太多事情没有描述，不过元守倒是知道NERV虽然是SEELE的执行机构，最重要的就是按SEELE的指示执行“人类补完计划”。不过在碇司令和冬月主持之下，NERV已与SEELE貌合神离。
而元守也正在以SEELE的观察员身份在世界上个的各个NERV支部游走观察，今天刚从德国支部出来，元守忽然感觉有些事情好像忘记了，蹲在路边，歪着脑袋默默的想着。
“诶哟，明日香你揪我头发干吗？”元守正在想自己是不是真的遗忘了一些什么的时候，忽然从侧面走来一个橘色头发的小姑娘，上来一把就揪住了元守的头发。
“哼哼，加持先生现在是我的监护人了，他说你今天就会离开是么？”明日香缓缓松开元守的头发，其实这几个月元守平时还是蛮照顾这个已经有傲娇趋势的7岁小萝莉的，至少可以算的上朋友了应该。
元守挠了挠头看着眼前的明日香，恍然大悟，原来是忘记道别了啊。“额是滴，本身刚才我就在想是不是忘记了点什么事情，不过才想到一半你就来了，那么正式跟你道下别咯。再见了明日香！”
“再见了元守先生。你会再来看我的吧。”明日香毕竟还小，至少不像剧情开始时个性恶劣。
说完，元守起身，招呼了辆出租车就忘机场驶去，明日香作为EVA的驾驶员也被德国支部的人接了回去。
“这个时间表确实不怎么样。现在该见的人也差不多都见过了，至于总部那边，还是等剧情开始时在过去吧。”元守在出租车上歪着头说道。
出租车司机，听到元守的话，扭过头来“长官，现在系统可以完全复制S2机关，卡巴拉的数据复制也已经完成了，世界解析程度75%，是不是需要制造几枚S2机关试着融合一下。”
“话说巴布，我发现你真心很适合当出租车司机诶。”元守看着巴布，也就是这辆出租车的司机，歪着头说道。
巴布撇了撇嘴没有回话，又继续默默的开着车不在搭理元守。
来到EVA的世界之后，没过多久元守就发现这个世界灵气十分充裕，修炼起来也快了许多，而且生物科技还是比较发达的，借着和seele的关系，叫NEVR制造了一个克隆体，便把巴布从万维古狱拉了出来。
而万维古狱在没有了巴布之后，跟元守彻底融合了，相对来说，现在更加方便了。
位于波罗的海的马尔杜克机关，原本SEELE虚构出来的一个职能机关，不过由于元守的要求的，在这里建立了一个水下基地。
“拘束术式九解放，全部能量开启，融合模式运行。”空旷的基地内巴布的声音忽然响起。
“长官，我们这样做是违反规定的吧。”指挥室内，一名研究员，有些担心的看着巴布说道。
巴布一摆手“这里的规定是由元守先生订立的，继续执行。”
指挥室下方，一个五芒星池子内充斥着巨量的红色液体，元守躺在池子正中央，他的上方有五枚红色圆球状物体，也就是S2机关，又叫做生命之果的东西。
“所有人准备，开始融合。”巴布看着躺在池子里的元守，果断下令道。
“是。长官”
随着巴布的命令，那五枚s2机关，开始向着元守慢慢飘去，随着距离越来越近，元守身上泛起了一阵七彩的光华，巴布知道这是心灵壁垒的自动反应，S2机关的主要能力其实就是放大心灵壁垒也就是AT立场，增加细胞活性，让生物活的更久，自愈性更强等等。
“融合进行，3%程度，无精神污染，继续进行。”