此时，雷神窥见机会，诱导妖圣进攻灵山，妖圣欣然同意，秘密联络孙悟空、孔雀大明王等佛门妖族，率众多妖族高手攻入灵山，企图覆灭灵山。
此时，灵山和佛门各净土联合，以阿难（也就是雷神佛门之身）和迦叶为首布下万佛大阵抵御妖圣为首的妖族诸位大圣。
关键时刻，阿难逆转万佛大阵，万佛同坠，并以此重创了妖族，妖圣被“恰好”赶来的菩提古佛和阿弥陀佛拦住，未能及时救走大圣们，并因此被万佛同坠所污染。
唯有孙悟空以金箍棒给妖族诸大圣留下一线生机。
妖圣在逃出灵山后带着无限愤怒和仇怨追杀阿难，阿难不得已下凭借轮回印踏入轮回。
与此同时，在这人族最黑暗的时代中，一名人族少年从逆境中崛起，历经磨难，披荆斩棘，筚路蓝缕，挖掘出秘境武道残篇，得到元始、道德一脉支持，一步一个脚印，闯过重重考验，终于挣脱苦海，证道彼岸，率领人族反攻妖族。
至此，持续数万年的妖乱大地时代终结，上古时代结束。妖圣为庇护妖族，突然化为妖圣枪坐化。
中古时代，妖圣陨落，人皇为避免人族再次衰弱，强行更改天道，以人族为天地主角，至此人族迎来辉煌时代，威压诸天万界，邪魔鬼怪退避。
然而此举也埋下了隐患，人皇更改天道，自身道行受损，且想让所有人族一起度过苦海，不愿包容妖族，此举不仅失去了妖皇女娲的帮助，更引来了三清和佛门不满。
最终，人皇死于数位彼岸围攻，遗留人皇剑悄然坐化，众大能亦纷纷沉睡，等待末劫。
与此同时，元始抽取封神世界，道德抽取西游世界，掩盖各自下落，上古事迹开始不显，金皇得到玉虚宫无极印和虚空印，后又得灵宝大部分遗留，化作无生老母，终于成就彼岸。
圣皇启继位，人族空前强大，镇压诸多妖魔鬼怪，诸子百圣一一现世，延续辉煌，在这其中，慕白隐秘出手，引导秘境武道再一次焕发生机。
中古时代末期，阿难转世重修，并培养了一条名叫雷神的鱼，即霸王，但是霸王摆脱了阿难的控制，成为中古记载的最后一名登临传说者。
所谓鱼，便是他我，是本我诞生在仙界外其他世界的生灵，他们都是本我在诸天万界的投影。
他我与本我是彼强我弱的关系，霸王的强大，使得阿难，也就是雷神失去了控制，几乎反客为主。
于是阿难联合其他大能，以雷神红颜五代玄女为饵，以中古诸圣为兵，以自身为主力，围杀霸王！
看不到登临彼岸希望的阿难终于彻底绝望，逆转如来神掌，化佛为魔，竟然在短时间内登临彼岸，是为魔佛！
魔佛阿难（雷神）灭绝中古大量道统，斩杀大量传说造化，成无敌之姿，欲灭绝佛门，最终被许久未曾出手的如来佛祖和元始天尊联手镇压，中古时代结束。
时间，缓缓来到了近古时代。
近古时代，以六道轮回的出现作为标志，被封印的魔佛阿难、被镇压的陆压道人、被囚禁的酆都鬼帝、被魔佛控制的七杀道人、投靠魔佛的盖世魔君、以及先天神灵水祖六人组成了六道轮回之主，以轮回印、封神榜等物打造空间，用来磨砺人才，等待末劫来临，企图占据一个好的身体，占得先机。
万年前，玄天宗开派祖师在玉皇山地底发现了天庭废墟，得到了光阴刀和部分天帝玉册。
同时，诸多门派世家诞生，地仙界进入王朝、宗门、世家并存的时代……