西元2000年，南极大陆爆发了名为“第二次冲击”的神秘灾难。地震、海啸随之袭卷而来，地球人口因此削减一半。多年以后，为了恢复在这场灾难中崩坏的经济，大国政府通过了一项法案，将一些政府机构包给私人进行运作，甚至就连监狱也包括在内……
八个月前，日本第三新国分市
正午的烈日炙烤着监狱那高大而厚实的围墙，除了那不知疲倦的蝉鸣声外，什么也听不见。除了那偶尔聚集在围墙顶的铁丝网上的一群乌鸦外，什么也看不见。围墙内时不时传来一阵阵刺鼻的血腥味，而在监狱那特制的金属大门的正上方，从左到右横印着“NERV国分刑务”这个名字。
在这所私营监狱中，最大的是典狱长，其次是副监狱长，再来就是狱警。不知是出于个人喜好还是因为其他什么原因，这座监狱由正中心被分割成东、西、南、北四个管区，由典狱长身边的四名精明强干的私人护卫分别把守，人称“国分四天王”。
这里是位于北部管区的一处黑魆魆的走廊，走廊两侧有次序的排列着一间间多人牢房。牢房内，犯人们有的在打牌消谴，有的在唠嗑，有的还在睡觉。在走廊的深处，有一排狭小的单人牢房，关押在这里的都是一些“极度危险”的犯人。
402号牢房
漆黑一片的牢房内，参森像往常一样若无其事的躺在床上打盹，这已经是他入狱后的第二个年头了，罪名是聚众斗殴。牢房里没有灯，只有一扇巴掌大的窗户用来透光透气，光秃秃的墙壁由于多年没有修缮，墙皮基本上都掉光了。阳光透过牢房那狭小的窗户照射进来，在牢房的地面上留下了一个不大的长方形光影，成了这黑暗的牢房中唯一的一丝光明。然而参森本人却毫不在意，似乎他早就已经习惯了这样的生活。
再过不久就到了犯人们劳动的时间了，一名年轻的狱警整理了一下刚刚得到的制服，神气十足的站在监狱的一处走廊的入口处，因为今天是他第一天上班，他可不想搞砸了。于是这名狱警挺直了胸膛，清了清嗓子，待出狱时间一到，便高声喊道：“出狱！”
“咔啦！咔啦！”值班的狱警们打开了牢房的门，犯人们应声走出牢房，在走廊内笔直的站成两排，然后在狱警的指挥下整齐的朝第三采石场走去。
烈日高照，露天采石场内的空气热的令人窒息，到处尘土飞扬，但犯人们丝毫不敢流露出半点抱怨的意思，因为稍有不甚就会被监督的狱警发现，从而换来一顿毒打。
“嘿呦！嘿呦！…”参森挥动手中的十字镐，用力的敲击着一堆灰色的岩石。他干的十分卖力，岩石很快被凿成了一堆细小的石块。干了一会儿，参森直起身子，抹了一把头上的汗，朝四周看了看，准备前往下一个采掘点。
“唔？”参森无意中看到，在采石场的边缘，站着一个年龄在十三四岁左右的少女，那女孩身穿一套蓝白相间的日本中学校服，有着如同珍珠一般白皙的皮肤，一头奇异的淡蓝色短发在脸的两侧留成了波波头。最引人注目的是她的一双如同红宝石一般的血红色眸子，此刻她正一动不动的站着，双眼凝视着正在采石场中干活的参森。
参森愣在那里，有点怀疑自己是不是看错了。采石场是禁止闲人进入的，可那个陌生的女中学生竟然在这炎热的天气里独自一人出现在监狱的采石场边却没有引起采石场外围那些手持来福枪的守卫们的注意，这也太匪夷所思了。参森注视着那个女孩的深红色眼瞳，一男一女就这样对视着。
“喂！你发什么呆？”一名狱警手持警棍来到参森的身旁冲他吼道，参森这才回过神来，连忙扛起十字镐朝下一个采掘点走去。临走前参森悄悄扭过头，又看了一眼那个女孩子出现的位置，发现她竟然消失不见了。“难道是幻觉？”参森心想。
“休息！”随着监督的狱警的一声令下，难得的休息时间到了。犯人们纷纷停下手中的活儿，来到位于采石场边的一处水房休整。“哎呦，真热啊！”一名年过半百，架着一副眼镜的囚犯一边吐糟这酷热的天气，一边用刚刚湿过水的毛巾擦拭着满脸的灰尘和汗水。他叫松崎，是一名保险公司的职员，在一个雨夜，他那十月怀胎的妻子突然要生产，而医院的救护车全出去了，无奈之下松崎只得亲自驾车送太太去医院，谁知由于天黑雨大，能见度低，在一个路口，松崎刹车不及撞死了一个过马路的行人。按道理来讲应该被送到市原交通监狱，仅仅因为被他撞死的那个人是当地警署的署长……
不过松崎本人倒不是特别在意，因为他那正直的为人和乐观的态度，加上入狱后的种种积极表现，使他终于为自己争取到了一次假释的机会。“儿子今年也该八岁了吧。”想到马上就可以假释外出并见到朝思幕想的儿子，松崎感到此刻自己是世界上最幸福的人了。
然而就在这时，松崎忽然感觉有人从身后抓住了自己的肩膀，“怎…怎么了？”没等松崎反应过来是怎么回事，他的身体就已经离开了地面……
“哎呦！”松崎重重的撞在了放置在水房角落里的物品摆放架上，然后又反弹回来，腰磕在了水池的边缘，弄了个鼻青脸肿腰酸腿疼。“稀哩哗啦！”架子上的物品散落一地，伴随在其中的还有松崎的眼镜...
松崎倒在地上，痛苦的抬起头一看，只见一个满脸横肉的中年男子正一脸狞笑的看着自己，在他的身旁不远处，一个身材矮胖的关西男和一个身材高瘦的眼镜仔正“帅气”的拍着手，俨然一副刚干了件不得了的事的架势。那人名叫盐本，是这监狱里的小头目，关西男和眼镜仔则是他的小弟。
“呵呵…松崎！”盐本趾高气扬的说，“听说你能假释外出，真叫人羡幕！我恭喜你！”水房内其余的犯人注意到了水池边的骚动，可奇怪的是他们中间没有一个人肯站出来制止。水池另一边站着的一群“K-IN!”（一个男性组合，对应K-ON!），见此情景，忍不住小声嘀咕起来。
平泽启太郎：“看呐，盐本又来这一套！”
秋山健次郎：“哼，一有人要假释，盐本必定去欺负人家，老是见不得别人过得比他好！”
田井中三郎：“唉，谁叫他在外面是黑社会老大，现在又是这里的头儿。”
中野泉四郎：“他又跟这儿的狱警狼狈为奸，谁敢惹他啊！”
“唔？”盐本忽然发现在散落一地的工具中多了一样东西，那是一个木制的简易人型机甲玩具模型。盐本捡起那模型，仔细的打量了一下说：“呦嗬，做的不赖嘛！”
“啊！？”看到自己花了一个多月才完成的模型落到了盐本的手中，松崎顿时紧张了，连忙挣扎着爬起来解释说：“我找了一些用剩下的木料做给我儿子的。”
“好，送给在外面等你的儿子！”盐本冷笑一声，举起手上的模型玩具就朝松崎的太阳穴上砸去！
“咔喳！”一声，那模型应声碎成了一堆木片，松崎再一次被打倒在地，此时的情况是，零比二......