在接下来的几个星期里，参森按照日程表上的安排，对绫波进行了各种不同的辅导，包括智能测验、功课补习、理科知识、文化艺术、道德修养、跟心理治疗等……此外参森还不忘记定期带绫波回NERV的医院复查伤势，以及到赤木律子那里检查身体。在辅导的过程中参森发现，绫波有着很好的艺术天份，尤其是在音乐方面，参森觉的可以多向这方面培养绫波。
这天上午，参森独自一人来到NERV本部的地下基地中，他是受了葛城美里之邀来见她的。
NERV本部内的通道错综复杂，参森在这里七拐八绕，最终被一扇高大厚实的金属闸门拦住了去路。
“这里是……”参森疑惑的看着这扇门，一股莫名其妙的神秘感涌上了他的心头，他转过头看了一眼安装在门旁的读卡器，于是毫不犹豫的取出自己的ID卡刷了一下。
“吱～”读卡器显示屏上显示出无法识别的字样，闸门仍旧紧锁。
“搞什么明堂？”参森有点不明白，自己先前刷了好几个通道的闸门，都能畅通无阻，谁知就只有这扇门不让通过。于是参森又刷了几回自己的卡，仍旧显示不能通过。
忽然，一阵高跟鞋的“哒、哒…”声传来，参森急忙转身朝声音的方向看去，只见赤木律子双手插在兜里，正庄重的朝自己走来。
“赤木博士…”参森急忙问候。
“你在这里做什么？”赤木律子一脸严肃的问参森。
“我在找葛城一尉，但不知道怎么回事，这么大个NERV本部就只有这扇门不让通过！”参森有点激动的对赤木律子说。
“你没读过成员手册吗？那里是禁区！”赤木律子说。
“这样啊！”参森这才明白过来，不过赤木律子并没有责怪他，只是慢慢来到闸门前，取出自己的卡刷了一下，闸门立刻开启了。律子走进了这个神秘的区域，同时提醒参森做事多用点心，然后便头也不回的朝内部走去。
看着闸门缓慢的关闭，参森不禁开始怀疑起来，“看样子，这NERV的地底下果然藏着一些见不得人的东西！”参森自言自语的说。
于是，参森按照成员手册上的地图，好不容易才找到了葛城美里约他见面的食堂，他走进食堂一看，发现葛城美里正坐在一张餐桌前跟加持良治在谈话。
“呦，你来啦！”加持看到了参森，美里也跟着转过头来。
“你们认识？”参森说着来到二人身旁的一张椅子上坐下。
“你说呢？”加持风趣的对参森说，美里则不高兴的把脸转向了一旁。
“我猜你们两个一定交往过，对不对？”参森问。
“呵呵～”加持笑了笑，没有回答。这时葛城美里站起身来，一把拉住参森往外走，“好了，不要再跟这家伙浪费口舌了，我们走吧，正事要紧！”美里有些急躁的对参森说。参森一声不吭，只是听天由命的起身跟着美里一起走，二人又一次穿过NERV总部内那些四通八达的通道，来到了位于NERV地下基地正中心的中央作战司令部。
刚一走进司令部，参森便被这里的规模给震憾到了，只见在一间巨大的黑色空间内，一幅立体的作战地图正用全息投影技术投映在正中央，上面将第三新东京市以及周边的地形显示的一清二楚，地图的正对面，一座高大的三层指挥台的正中间一层，并排安装着三台似乎是电脑主机似的机器，指挥台上人来人往，许多身着NERV制服的工作人员正在主机前忙碌着，指挥台正对面的墙壁上有一面巨形显示屏，可以将战场上的详细状况转播出来。
“好大的气场！”参森对着中央作战司令部的规模感叹道。
“这里就是负责迎击使徒的作战指挥中心。”葛城美里温柔的对参森说，“现在来认识一下其他队员。”
说着，二人登上指挥台的第二层，来到了三台电脑主机的其中一台旁边。
“那个戴眼镜的，叫日向诚，军阶为二尉，是总部的联络员。”葛城美里指着一个戴着宽边眼镜的黑发小哥说。
说着，日向诚转过身来，主动朝二人打招呼：“哦，您好！”
“幸会。”参森也温柔的回答着。
然后，葛城美里又指着旁边的一个长发男子说：“这位是青叶茂，是MAGI的副操作员，军阶为中尉。”
只见青叶茂一直在埋头工作，对周围发生的一切没有丝毫察觉。
“青叶的任务主要有通信以及情报分述等，负责联络工作和MAGI系统的部分操作。”葛城美里说。
“MAGI系统？”参森感到疑惑。
“本部的超级计算机系统，全称‘三贤人超级计算机系统’，用于管理整座城市的政务，监视使徒的动向，以及保管实验资料等，由律子负责主要维护。”美里向参森介绍道。
“是吗？怪不得这么大个第三新东京市连个市政厅都见不着。”参森回答说。
“呵呵。”葛城美里笑了笑，然后指着一个留着黑色短发的小妹说：“她是伊吹摩耶二尉，怎么样，很清纯吧！”美里故意开了个玩笑。
“噢，您好！请…请多指教。”这时，伊吹摩耶才注意到二人，连忙转过身来，神情紧张的问候了一下二人。
“请多指教。”参森礼尚往来，然后他将目光转向位于指挥台最上端的司令席，发现碇源渡仍旧和初次见面时那样双手手指交叉放在脸前坐在座位上，只是在他的身旁多了一位头发灰白，身材高瘦的老者。
“那里是碇司令和冬月副司令的位置。”美里提醒参森，“好了，我们该走了。”
“嗯。”参森看了碇源渡一眼，转身跟葛城美里一同离开了。
数十分钟后，在NERV本部的地下通道内
“原来如此，这就是本部的成员分布。”一路上，参森仔细的回忆着美里向他介绍的NERV本部的组织架构。
“另外还有…”美里提醒参森，“以后再见到大家，记得要称呼前辈喔！”
“哦？”参森有点听不明白。
“这是因为大家都是第二东京大学毕业的，而且都是你的学长！”葛城美里解释说。
“是这样…”参森这回明白了。
于是，参森跟着美里离开了中央作战司令部，准备前往下一个目的地，赤木律子的实验室。
“葛城前辈，有件事我很在意…”参森突然问葛城美里，“请问NERV为什么要把本部建在箱根这片地方？”
“为了迎击使徒啊！”美里毫不在乎的回答。
“关键是，你们是怎么知道使徒一定会入侵这里的？”参森追问道。
听了参森的问题，葛城美里的脸色忽然变得沉重起来。“这个…我想你可以试着问问律子。”美里回答。