钢板假面人哥布纽紧紧抱住迪迦，企图和迪迦同归于尽，时间一分一秒地流逝，迪迦和TPC基地都危在旦夕，绝望关头，迪迦奋力挣脱了哥布纽的束缚，抬起哥布纽冲出了海面，但是飞到半空的时候，迪迦的能量耗尽，彩色计时器熄灭，迪迦消失在了半空，而哥布纽也发生了剧烈的爆炸，剧烈的爆炸令远在外太空亚特蒂斯号上的宗方等人也肉眼可见。这是迪迦首次未消灭敌人便提前消失。
林诺跟大古关系不错，他们又都是光之巨人，眼看着迪迦消失的林诺还是很担心大古的。但是就在这个时候，从机械岛内冲出了成群的小型哥布纽，它们成群结队地向亚特蒂斯号袭来，在哥布纽的撞击下，亚特蒂斯号受到严重创伤，为了为麦格斯炮的充能争取时间，新城和堀井不得不驾驶胜利飞燕号出去迎战。
林诺不能当着大家的面变身，所以说他向副队长宗方请求驾驶飞燕号去帮忙。
另一边，大古与哥布纽的残骸漂浮在海面上。在昏迷中，之前击败过的怪兽又一一在眼前浮现，之后，基里艾尔人以预言家的身份再次出现在大古面前，基里艾尔人又开始对大古进行了嘲讽，他嘲笑大古自认为是地球的守护人，如今却不得不接受失败的命运。大古非常气愤，但也不得不面对自己失败的事实，他开始迷茫，自认为已经没有资格以光之巨人的身份守护地球。这时，幽怜
从身后走出来，她语重心长地告诫大古：人类即将步入一个崭新的新时代，光的力量也在不断得到传承，此刻的人类必须齐心协力一起迎接这个新时代，如果只单单依靠光之巨人的力量，人类仍会不可避免地重蹈超古代文明的覆辙。
大古拿出了闪光棒凝视，他似乎又对自己的力量有了新的理解，此时，野瑞从远处驾驶着汽艇过来，他们带着哥布纽的残骸返回了基地。
在太空中，麦格斯炮的能量已经充满，宗方准备对机械岛进行新一轮攻击，但就在他们启动麦格斯动力系统时，机械岛仿佛磁石一样将亚特蒂斯号吸入了内部，亚特蒂斯号就这样与地面失去了联系。
林诺思考之后还是决定等大古来之后，先把亚特迪斯号从机械岛内部弄出去再说。
八尾博士猜测发生的一切可能与麦格斯动力系统有关。野瑞对哥布纽的残骸进行分析后发现，哥布纽的每一块碎片都是仪态电脑，野瑞将计算机遇哥布纽的碎片连接后与其展开对话。
哥布纽道出了他们袭击TPC基地目的：原来，有人将指令植入了他们体内，命令他们一旦麦格斯动力系统被启动，就展开行动将拥有麦格斯动力系统的文明摧毁。
八尾博士无论如何也不愿相信自己苦心研究出来，引以为傲的麦格斯动力系统居然会是导致一切灾祸的根源，但大古忽然明白了一切：麦格斯动力系统很可能并非八尾博士原创的东西，它很可能早就存在与宇宙中，被发现是迟早的事，某些未知文明担心别的文明掌握了麦格斯动力系统后会对自己不利，于是先发制人将掌握麦格斯动力系统的文明消灭。
这时，野瑞忽然想到，每次麦格斯动力系统一启动，机械岛就会马上做出反应，只要逆向启动麦格斯动力系统，就能抵消掉机械岛的力量将亚特蒂斯号救出来。
大古马上驾驶着白雪号登上了机械岛，展开营救行动。他成功与被困在亚特蒂斯号内的丽娜等人取得了联系，并相互配合以相反方向启动了麦格斯动力系统，机械岛上的大门果然打开了。
就在即将成功的时候，机械岛上的物质组成了一台巨大的机械生命体哥布纽，哥布纽向白雪号走来，企图破坏这次救援行动，大古跳出机舱，变成迪迦与哥布纽展开战斗哥布纽远比之前强大，迪迦使出浑身解数也不是其对手，一度被打倒在地。哥布纽看见迪迦倒在地上后准备重新与机械岛结合，迪迦趁机会飞向天空逃离机械岛，却被哥布纽拽住了双脚。
现在的哥布纽远比之前强大，迪迦使出浑身解数也不是其对手，一度被打倒在地。哥布纽看见迪迦倒在地上后准备重新与机械岛结合，迪迦趁机会飞向天空逃离机械岛，却被哥布纽拽住了双脚。
迪迦一时无法逃离机械岛，这时，堀井心生一计，他尝试将麦格斯动力系统的能源连接到麦格斯炮伤用来消灭哥布纽，但八尾博士认为麦格斯动力系统的力量过于强大，不希望把它用到武器上，此时，堀井抛出了自己的论调：科学技术的价值完全取决于它的使用者。
林诺跟宗方副队长说：“现在新城和堀井刚刚经历过战斗，其中一架飞机还出了问题。在这种情况下，能出去帮助大古的人只有我了。”
林诺驾驶飞机去帮大古，堀井说服了八尾博士，于是他们把麦格斯动力系统的能源连接到麦格斯炮上，他们发射麦格斯炮集中了哥布纽，之后林诺在飞机里拿出进化信赖者变身奈克瑟斯。迪迦在飞离机械岛之前，他将白雪号投向了亚特蒂斯号，营造了大古还在飞机中的假象。奈克瑟斯也故意制造出飞机被击中的假象，把飞燕号送回亚特迪斯号。然后直接飞过去跟迪迦在太空汇合，然后他们两个一起从远处向机械岛发射了哉佩利敖光线和十字光线风暴，最终成功将机械岛炸毁。
机械岛被成功消灭，大古和林诺也顺利回到了亚特蒂斯号和众人汇合，司令室的众人也松了一口气。但八尾博士却感到一些失落，他原本引以为傲的新技术，居然是宇宙历史中早已存在的东西。此时，野瑞走过来安慰八尾博士，虽然麦格斯动力系统是宇宙中早已存在的东西，但八尾博士仍然非常出色，人类是需要不断向前迈进的。八尾博士也从失落中走了出来，他下定决心一定要向世人证明麦格斯动力系统并非邪恶的力量，只要人类把好关，它将是人类迈入新领域时代的重要成果。
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