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叛匪各部会合一处，败势稍止，乌泰急忙叩拜葛根活佛，祈求显灵退敌。可这位活佛元帅听闻战事大败，又见乌泰所部十剩二三的惨状，吓得惊慌失措，颤栗不已。勉强打起精神头儿求佛“显灵退敌”，却是一点不灵。不仅没见到腾云驾雾、刀枪不入的喇嘛神兵，更看不到天上掉石头，连片雪花也没落。
此时，政府军的大部队终于赶到了洮南县。吴俊升的人马气势又盛，再次向叛军发起了进攻。此时叛匪军心已乱，士气衰弱，只是胡乱抵挡了一阵，乱放几枪，拔腿又跑。
乌泰的叛军败进葛根庙，想凭借镇中心葛根大庙高墙瓦寺之险，抵挡官军几日，以为喘息之机。于是三路兵马拼凑了一千余众，负隅顽抗。
葛根庙是内蒙中部的大镇，庙宇鳞次栉比，人烟密集，市井繁华。既是军事要塞，也是农牧商业中心。当时居民就达十万多人。再加上札、镇两旗迁入的难民四万余人，搭起的“天幕”和蒙古包连接起来绵延数里，拥挤不堪。
葛根庙又是乌泰“独立”动乱的总指挥部和大本营。各寺庙的喇嘛们天天烧香唪经，迎神送鬼，祈祷上苍，保佑乌泰的“独立”之举成功。在这喧嚣声中，迎来了屡战屡败的溃逃者，各寺庙顿时陷入一片混乱。第六世葛根“元帅”下子道“法旨”，说有外蒙古活佛的援军，能得到武器弹药等等。他要求大家镇静，拼死抵抗。其实，大家都看到，这个年仅十七岁的活佛“元帅”惊慌失措的样子比谁都厉害。
乌泰败进葛根庙的第二天，吴俊升率领轻骑三营便追击而至。在查看了葛根庙的地势地形后，觉得易守难攻。倘若硬攻，必然有很大伤亡，于是只虚围镇子，等待步兵和炮兵的到来。
两天之后。步、炮六营士兵赶到，总攻的时机到了。
炮兵在葛根庙南南盂西哈达山顶上架起大炮，瞄准了葛根大庙叛军司令部，又命万福麟率骑兵于南门待命，总攻打响后。即率马队冲入，然后由石得山率步兵跟进。
炮兵营营长李志信，将炮位再三校正后，开炮轰击。第一炮就落在庙院中心，惊得叛军乱成一团，纷纷躲进庙内。这些叛军没有作战经验，炮击时，越往屋里躲越危险，应该在空阔地上趴伏，伺机滚进弹坑才保安全。
炮弹接二连三地飞来。几炮便把大殿西角炸塌，殿脊上铜顶被震落在地。这被活佛、喇嘛们视为“不祥之兆”。此时，“法旨”、“佛咒”完全失灵了，动乱者从“元帅”、“统领”到众蒙古兵丁都知道大势已去。乌泰、硕代等叛军首领胆颤心寒，凿开大庙后墙，狼狈逃窜，向札萨克图王府逃命而去。
等万福麟得到命令，率马队向镇内冲击时，防守南门的叛军早已望风而逃，一路没有遇到抵抗便杀进葛根庙。见乌泰已经潜逃。又马不停蹄，直追而去，一直追击到归流河南岸方停止前进。
乌泰逃到王府，才略有喘息之机。检视人马。所剩不过三百骑，轻重伤者又将近一小半。而外蒙古的援军仍然未到，又获悉从黑龙江省又有一支官军开来，将与吴俊升部合攻王府。最要命的是嘎钦已被官军占领，逃往外蒙古的退路已被切断，真是穷途末路。
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中国革命发生后。俄国就有意与日本合作，共同出兵占领中国东三省。由于英、美等国坚决主张列强对华一致行动，俄国考虑欧洲局势更为紧要，不愿在中国问题上与英、美对立，便又向日本政府提议由日本带头共同瓜分东三省。
而日本重视与英国的同盟关系，也不愿开罪英国，予以拒绝。沙皇政府迫不及待，一手导演外蒙“独立”之后，又唆使哲布尊丹巴以“蒙古君主”的名义联络内蒙地区的王公，煽动他们率众叛乱，脱离中国。