?某个海岛上，某个房顶上，某个伪幼童侦探和某个小偷正在望着天空中的那个巨大的身影。这两人就是基德以及逃出生天的柯南。
柯南一脸凝重的看着天空船，而基德则是看着旁边这个“小屁孩”叹了一口气。柯南转过头来看着基德：“小偷先生，你有什么办法回到上面吗？”听到柯南的称呼，基德有点无奈，但是想到玉和的关系，也就不太计较了：“没有办法啊，我这只是滑翔翼，又不是飞机。”
柯南有点不甘心：“果然还是不行吗？”想到了还在天空船上面生死不知的玉和，心里更是不甘心。
“嗡，嗡……”一阵巨大的声响从天上传来，两人同时抬头望天，看到了熟悉的标志之后，两人相视一笑：机会来了。
不一会儿，在一架直升飞机上面。高木还有佐藤有些疑惑的看着后座上面的一大一小两个人，高木有点疑惑的问道：“工藤君和柯南怎么会在那里呢？”
“工藤君”笑了笑说：“我们也是出来玩才到这里的，正好也是看到了这件事情，然后调查了一下，发现了疑点内幕，所以希望可以得到你们的帮忙。”
说到这里，高木也没有继续问下去：“那好的，希望工藤君可以尽力侦破这个案件，我们会给你最大的帮助。”听到高木的回答，佐藤虽然有些怀疑，但是眼下事态紧急，也就没有过多的去问什么，只是专心盯着前面的天空船。“工藤”盯着柯南得意一笑，柯南翻了翻白眼，对于这个“工藤”很是无奈。没错，两人在岛上看到了的事东京警视厅的警务直升机，于是基德就提出了这个易容的计划，果不其然，鉴于以往工藤新一的鼎鼎大名，两人很快就登上了直升机。其实说到鼎鼎大名，如果基德报上名号，也许比工藤新一的还要好用……
奈良县警察局里面，服部平次已经带着和叶还有一个御姐控川口聪来到了这里，面对正在逃难的市民，几个人完全没有一点害怕病毒的样子。看着几个人饶有兴趣的参观奈良县警察局，鹿角刚士警部已经快要疯了，如果不是因为还有市民没有撤离，他们也早就跑路了，怎么可能还留在这种生死不知的地方呢。看着一旁鹿角警部一脸紧张的样子，平次知道自己不能再开玩笑了：“鹿角叔叔，其实是这样的，我们来这里是因为发现了一点事情，你听我说……”
然后就把嘴巴靠到了鹿角警部的耳朵旁边。鹿角警部先是有点疑惑，但是随着平次说的内容越来越不可思议，但是又合情合理，鹿角警部的面容上的愤怒之色越来越严重，最后忍不住用拳头捶了一下桌子，怒喝道：“一群该死的混蛋！竟然敢这样戏弄警察，我们会用行动来捍卫樱花（日本警徽是樱花）的尊严！”
虽说这个推理有很大的可能性，以及种种迹象都表明了这件事的真相就是如此，但是服部平次依旧在祈祷：希望你们的推理是对的，希望你们可以平安无事。
天空船尾部不远处，一架东京警视厅的直升机正在紧紧尾随，飞机上的几个人都紧紧的盯住天空船。尤其是在后座的基德还有柯南，脸色也是一片凝重，不超过一个小时，他们又回到了这里，真的有一种时空错乱的感觉。基德拉开了窗户，两个人同时伸手出去测量风速，然后都同时点了点头。看的高木还有佐藤一愣一愣，因为这样看起来柯南就像缩小版的工藤新一（本来就是！）。
不理会前面二人的惊疑，基德抱起柯南，对二人说了一声：“谢谢了。”只是一转眼的功夫，基德就跳出了窗外，然后露出了本相。高木一片震精：“工藤君是基德！”佐藤则有一些恍然大悟的感觉：“工藤君是基德。”
冒着差点被大风吹飞的危险，基德还有柯南终于爬到了天空船的顶上。放下了柯南之后，基德就在通风口处坐了下来，然后似乎想到了什么似的说道：“你那个小女朋友被那个滕刚抓过，要小心啊。然后还有这个，拿去。”说完就将一个透明的薄膜丢给了他。
柯南有点疑惑的看了一下基德，随即恍然大悟道：“这是铃木老爷子的指纹吧，怪不得你会有信心来到这里。”基德没有说话，只是把帽檐压低了一点，但是还是可以看到他有些自得的笑容。柯南也回应了一个笑容，然后打开天窗就进入了天空传内部。
玉和在小心探查了地形之后，终于逃离了吸烟室，一路上根据自己的记忆，避开了几处巡逻点。但在拐过了一个过道之后，玉和看到了被押送过来的小兰，心想不妙：如果让他们去到吸烟室，那就全部暴露了，看来计划得提前了，可是炸弹还没排除，终究是一个大隐患。
就在玉和担心天空船上的炸弹时，作为同样是名侦探的柯南，却已经在飞船的的几个关键部位拆除了炸弹，动力室、龙骨、逃生通道……一共拆除了四个炸弹。看到那么多炸弹，柯南也是背后渗出了冷汗，但是也立刻松了一口气。但是没有等他的这一口气喘匀，就听到了一连串的枪声，心头立刻一紧：不好，难道是恐怖分子开始……兰！
玉和抓住小兰的肩膀，然后猛的按了下去，在躲过身后的枪击之后，不敢停歇一秒，又立刻翻滚到了转角处，随即枪声再度响起。就在刚才玉和制服了两名歹徒之后，却没想到又与巡逻的另外两人相遇，随即在为了保护小兰的情况下，不得不躲避。不多说废话，小兰也知道肯定出了变故，然后在经过几番周折之后，玉和终于解决两名歹徒。但是随着枪声的吸引，更多的歹徒还在向这里汇集，不过与此同时，在天空船斜后方不远处，一架铅灰色的直升机正在接近，然后上面的人在接近天空船之后立刻登顶。看见有直升机来到的基德早已躲到了飞船的侧面，在看清了来人之后，基德有点抹汗道：“自卫队！”
然后在专业人士的支持下，恐怖分子迅速被清除，并且立刻与人质隔离开来，就在大家松了一口气之后，随队的军医给大家带来了一个更令人惊喜的消息——所谓的病毒不过是恐怖分子的谣言，这不过是一种会让人起疹的药物罢了。最让大家无语的是，在吸烟是里面，大家发现了被五花大绑的藤冈隆道，至于是怎么被绑的——他的裤子的两条裤腿，一个绑手，一个绑脚。然后身上就只剩下……你懂得。
大家皆大欢喜，园子更是抱着玉和不肯撒手，脸上满是欢乐的泪水。看得玉和有些惭愧，貌似园子一直在为自己流泪。玉和突然想到了什么，转头对老爷子说：“铃木伯伯，那颗宝石可以借我一下吗？”铃木老爷子有点奇怪，但随即就了然：“想得到宝石，就凭借你们侦探的智慧吧。”玉和转头看了一下柯南，柯南也明白了玉和的意思，随后就把那个印有铃木老爷子指纹的薄膜交给了他，铃木老爷子看到了哈哈大笑道：“不愧是聪明的侦探小子，你有资格得到铃木家最美丽的宝石。”
“谢谢伯伯了。”玉和也是满面笑容，老爷子的双关语他又怎会不明白呢。
天空船的展览台上，一个白色的身影正斜向上四十五度仰望天空，月光洒落在那上面，如羊脂玉一般。柯南还有玉和看到这个身影，然后开口道：“基德，你就不怕被逮捕吗？”
“哦，是吗？”基德似乎有些不以为意，“宝石呢？”
玉和也不废话，将手中的宝石丢了过去，基德抬手就接住了宝石，对着月光看了一眼，但却有些遗憾的说道：“果然不是呢？”
柯南有些奇怪基德的语气，但玉和却好像知道什么一样：“真相还是遥远的，我们要抓住的是根本啊。”
柯南更加疑惑了，也许是看出了柯南的疑惑，基德笑着说道：“名侦探，你想知道我的真面目吗？”柯南瞳孔一缩，随着基德的娓娓道来，以及玉和的不时补充，柯南的嘴巴越张越大，已经合不拢了。