?西元2015年第三新东京市
这是一个动荡不安的年代，比曾经的世界大战更可怕，很有可能，人类会毁灭在弹指间。
不仅仅是针对日本，全世界的高层，也就是指联合国及各国委员会，都了解事件的真相——神终于愤怒了。
1947年，一牧童在死海地区的约旦河谷内某处山洞发现许多羊皮纸卷，经放射性同位素检验，为西元前196~233年所造，羊皮纸上的文字清晰可见，为古希腊文，被人们称作“死海文书”。
虽然人们相信可以从死海文书上提前了解神的旨意，但也很有可能因此而遭到天的谴责，基于人类的本性，即使知道如此，依然有很多人在尝试着破解“死海文书”的内容。
经过碇元渡、碇唯、冬月三人不懈的努力，联合国拨下资金成立了“人工进化智能研究所”，希望从这三人号称世界第一的疯狂智慧里发掘出人类永生的秘密。
而2000年的那个冬日，正是人类恐慌的开端时刻。
南极考察队在南极中心点的冰层下发现了生命迹象，用X光透视，是一个卵，很有可能是人类始祖LILITH（莉莉丝）之卵。联合国派遣“人工进化智能研究所”前去调查，因为碇唯怀孕所以未前往。
经过调查，碇元渡发现卵周围有类似原始汤类的粘稠液体，此卵正式被确认为LILITH之卵，三天内在南极范围内的一切行为被列为联合国X+II级机密。
碇元渡、冬月回到日本，联合国给予五十万美金的奖励，正式派遣发掘队开始将LILITH之卵作为样本研究。
在挖掘之刻，一直处于沉睡状态的LILITH突然觉醒，出现光之巨人ADAM（亚当）。泄露出来的能量，摧毁了南极大陆。
联合国特种部队同时扔下百余枚N2（非核武器）炸雷，光之巨人ADAM停止行动，缩回卵状，LILITH的残存体被分离出卵外，两者都被“人工进化智能研究所”封入树脂内带回日本。
与LILITH同时发现的还有一支红色长枪，可以随意变换形态，被NERV命名为隆基诺斯之枪。LILITH的残存体被带回第三新东京市第下NERV本部后，开始快速还原本体形态，碇元渡不得不将隆基诺斯之枪刺入LILITH胸口，并把LILITH连同隆基诺斯之枪一起钉在NERV本部下方的十字架上。
由于南极被毁，全球水位骤然上升，最高温度达到50摄氏度，全世界60%的人类死于此次灾难，这次灾难也被世人称为“第二次冲击”，资料全部被封存为X级机密，对外公布为大量陨石撞击所造成的结果。
为了应付极有可能发生的“第三次冲击”，联合国成立了以基路·罗兰兹为首的SELEE（SELEE为德语中灵魂的意思）机关委员会，为日、英、德、美、法五国直接领导人参加，平日只有3D影象出现，全权控制全世界所有兵权、资金，“人工进化智能研究所”也正式改名为“特务机关NERV（NERV为德语中神经的意思）”，迁往根箱山区新修建的地下备战要塞——第三新东京市。
在NERV成立的第二年，NERV机关司令碇元渡之子——碇苍叶出生，于苍叶出生后的第二年，碇苍神以及其孪生弟弟碇真治出生。不过以上除了碇真治出生时是公开以外，其余两人的存在都被秘密封存了起来。
疯狂的碇元渡开发出以光之巨人ADAM为蓝本的EVA系列（EVE为夏娃的英文译词，EVE是神用ADAM的一根肋骨造出的女子，EVA是德语中福音的意思），EVA零号试验机在2002年开发完毕，所注入的灵魂是从LILITH体内提出的，第一次试乘者为碇唯。
EVA零号试验机体第一次试乘便失败了，插入拴莫名爆炸，驾驶员碇唯当场死亡。之后NERV总部中心位置发生了剧烈的爆炸，爆炸中心半径1000米内，无人生还。那年碇真治2岁。三年后，碇元渡抽取出碇唯的残留的一部分身体细胞混合着LILITH的灵魂制造出了第一个人造人——零波零。
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第三新东京市附近的公海公路上密密麻麻的墨绿色豹式重装甲坦克，还有临时架设在海滩上的银白激光炮，吊栏式的自动发射装置密密地排列在坦克上头，随着猛烈的海风摇晃着。
在蔚蓝的海水里，一些扭曲的废弃建筑物正歪歪扭扭地伫立在其中，曾经日本最繁华的地带，如今已被其他都市所代替。在清澈见底的海水里，有一个巨大的阴影在游动着，看起来不像是鱼类。
刺耳的蝉鸣混杂着波涛的撞击声，在这个宁静的黄昏显得特别让人烦躁，待命的坦克与激光炮没有发出一丝声响，所有闲杂平民都进入了地下避难所。
突然，海中央喷涌起大概有八十米高的骇浪来，一个怪物的身影出现在其中。这个怪物大约有一百五十米高，和人类一样有着四肢，但是手脚都不合比例，暂且被称为手的上肢足足拖在了膝盖上，腿却细短得可怜，浑身的皮肤粗糙呈墨绿色，没有毛发，手肘前后都各有一根白色纤维状尖刺，只有三根手指，脚掌上没有脚趾，宽阔厚实的肩膀上有两块类似铠甲的灰白色物质，本应该是头颅的地方长着一张怪异的长脸，下巴尖细，脸上有三个黑洞，这张长脸下面还有一张短一些的圆脸，同样是三个小洞，一些类似肋骨的白色粗刺护住怪物细长的腰身，粗刺中间，有一颗突出的血红圆球，像宝石一般散发着殷红的光泽。
“那个···那个就是使徒吗？”炮台边的指挥官小声地嘀咕道。
三号使徒缓慢地步入海滩，坦克与激光炮同时瞄准它庞大的身躯射击，一时间水桶粗的紫色激光还有爆炸开来的烟雾漫天飞舞，“在现代的武器下，你能做什么啊？使徒哟！”指挥官叫喊着，仿佛在给自己打气一样。
“全体命中目标！”
“激光炮发射角度无异！”