第三新东京市内，联合国军已经撤退，使徒踩扁了根箱山，顺利地进入市区内，它好象知道NERV与自己的敌人就在这片区域内似的，从最上面的尖细长脸里发射出一道又粗又长的紫色光线，直射第三新东京市内最高的建筑。紫色光线摩擦着空气发出刺耳的破空声，在空中划出一道完美的十字，在二十七层办公楼里爆炸，办公楼斜斜地塌陷了。使徒扭转身体，对着NERV架设在山顶的微型实时转播器发出一道光线，山坡被划成了不规则的两半。
“糟糕！转播器被破坏了！切换3号转播器！”
“3号被毁，4号被毁！”
“切入三百倍望远镜系统！”
“EVA备用突击步枪所在建筑被毁，请求补充！”
“初号机补充电源3号断去联络！”
控制室里一片忙碌，在这闹哄哄的环境里，只有一个人在安然冷笑着，他就是碇元渡。
真治看着巨大的初号机，依然有着畏惧的感觉，他又开始畏缩不前了，“你，如果不能做好这件事，那么就回去，再也不要出先在我眼前了。”从上方传来碇元渡的声音，真治抬起头看见了防弹玻璃后的碇元渡的身影。
“爸爸，真的必须驾驶这个东西去战斗吗？如果我真的可以战斗的话，我是否就是有用处的人？”真治出乎意料地冷静，本来畏惧的气势，突然变的坚强了一点，碇司令歪着头打量了一下真治说：“你不去也没关系，我们有自己的适格者，不过，这样一来，你就没有存在的必要了，你选择哪个？”他说。
“我来驾驶好了。”突然一个清脆的声音传了过来，真治转头一看，却是个身上缠满了绷带的女孩，看年龄也就和他一样大，一头深蓝色的头发，配着小巧的嘴巴和鼻子，再加上一双本来很大，却又微微眯起的双眼，整个给人一种冷艳的感觉。“零？你怎么出来了？现在还不是你出动的时候。”碇突然大叫了起来，因为活动而使身上伤口裂开的零摇晃地向初号机走去，“我，没关系的，我还可以战斗，”刚说完她就一个不稳，摔倒在地上。真治连忙扶住她，却看见她正狠命的吸气，好象那样就可以让自己的伤痛轻一点。真治看着颤抖的女生，看着她那一身蓝白相间的战斗服被鲜血染红的样子，突然他狠狠给了自己一个巴掌，“不能逃避，不能逃避，不能逃避！”他喃喃地说道，“爸爸，”真治仰起头看着碇元渡，“我去。”他说。
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NERV中心研究所第四部分的墙壁上伸出一只巨大的机械手，抓着一个两头椭圆的插入栓，真治就坐在里面。困住初号机的血红液体被迅速排往指定空间，机体背部的活动入口打开，头部垂下，露出一个刚好能放进插入栓的长条形空间，机械手熟练地放入了插入栓，松开四个固定闸，旋转着把插入栓放进指定位置，入口关闭。在第四部分下方，EVA专用电源已经接通，撤去头部电磁场安全设置。
碇元渡把双手背在身后，冷冷地下达了命令：“开始第一次同步谐调。”
“第一次同步谐调开始，初号机A10神经接通，开始注入LCL！”
另外一只机械手将管子插进了EVA背部的注水入口，淡黄色的LCL一点点地淹没了小小的插入栓，真治有点害怕的闭着眼睛，呼吸着液体里的空气。LCL是一种类似生命形成的原始汤类的粘稠液体，是NERV根据2000年在LILITH之卵周围发现的液体所制造的东西，可以将EVA驾驶员的精神与物理伤害减到最小（神经伤害除外），带着淡淡的血腥味。
控制室的大屏幕上出现了图案，从屏幕左边开始移动的波浪形弧线图案代表了EVA的神经系统，从屏幕右边开始移动的蓝色波浪形弧线代表了真治的神经系统，现在两者正在慢慢地进行一定谐调，这样才能控制住EVA的一切行动。
“同步谐调完成！谐调率达到93%！”
听到这个消息，主持这次作战的美里咬咬牙忍住了想欢呼的yu望，没想到真治真的能和EVA初号机产生共鸣状态。
在插入栓内，A10神经接通后，插入栓的巨大显示屏幕变成了黑白斑点，又变成了血红的扭曲线条，电脑合成的女声对真治说：“谐调完成，进入日语控制状态，请驾驶员坐好。”真治把两只手放在控制手柄上，脚也放在了踏板上，周围的景色变成了NERV中心研究所的景象，只要是初号机能看到的，他都可以看到。
美里忍住兴奋的心情，下达命令：“解除安全固定设置，EVA初号机到达发射指定位置。”
第四部分中间的走道开始朝一边移动，周围的栏杆也都放开了对初号机的禁锢，两只机械手同时抓住了EVA的肩膀，只听得铿锵一响，四只电动巨型滑轮安装在了悬空的初号机脚底，带动着沉重的初号机朝第4号发射台前进。
“EVA初号机到达发射指定位置！”
“解除滑轮！”
“检查电源！”
“检查肩部的电动粒子刀！”
“电源无异！武器无异！”
“地面建筑所藏武器还有太刀、自动步枪、手枪！”
“地面备用电源还有三条！无异常随时可使用！”
“EVA初号机备用电池无异常，可使用五分钟零秒！”
发射台的地面露出四个凹洞，四个巨型滑轮摩擦着火花被卸下，EVA初号机的肩部装备被机械手固定在竖立轨道上。
控制室的屏幕被切换为四个画面，左上是EVA初号机，右上是使徒，右下是发射轨道活动地图，左下是初号机内部状态。美里朝下狠狠地一挥手，命令道：“发射开始！”
初号机的脚底喷出烟雾，迅速上升，可以清晰地听到肩部与轨道摩擦时发出的噪音。地面开口闪着红光打开，地上延续轨道升起，EVA初号机顺利到达第三新东京市地面。
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原本已经关闭的基地的防弹钢门被无声无息地打开，碇苍叶赫然出现在基地的出口处，他目光迷离地张开双臂，似乎想要拥抱刚从发射口升起的初号机，“我最亲爱的弟弟哟，让我看看吧，你存在的理由。”
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