地球上空漂浮着一团神秘的云团，TPC派出以气象学家水野博士为代表的调查团前往调查，从旁白中得知，水野博士是堀井的恩师，当天堀井原本也应该参与调查，但因为临时有事未能参加。然后林诺自己向居间惠队长提议代替他参加这次调查。
水野博士一生都在致力于对地球未知生物的研究，他对这次能近距离观测到未知生物感到非常兴奋。但此时，飞机发生异常故障，飞机被一股强大的能量干扰而失去通讯。在外面的乌云中深处，一双眼睛正在向外窥视，似乎准备发动袭击。水野博士感到一丝不安，他自言自语的叫出了学生堀井的名字。
“博士放心，无论如何我们都会活着回去见到堀井的，我保证。”林诺这次跟过来当然不是来玩儿的，他是来救人的。
时间回到林诺准备出发之前，“大古，我感觉到这一次水野博士的侦察机会出事。”
“那你为什么还要跟过去呢？”
“既然加入了你们，我就把胜利队当成家了，再说堀井平时偶尔开开玩笑也是挺有意思的，所以我要去救回他的老师，你也记得多加小心。”回忆结束。
外面的加佐特已经准备发动攻击了，加佐特攻击导致飞船突然的摇晃让水野博士三人全都晕了过去。
林诺没有任何迟疑直接拔出进化信赖者喊出“奈克瑟斯！”之后成功变身奈克瑟斯，用光把水野博士三人保护起来。
之后奈克瑟斯通过念力发出光能量覆盖自身，变成一个金色的光球体，这样可以让他在宇宙空间中以超光速进行飞行移动，足够冲出闪电人加佐特的巢了。
与此同时，TPC基地的甲板上，堀井正独自一人倚靠在栅栏上散心，他因未能与恩师一起前往调查而独自郁闷，此时，基地的广播呼叫他的名字。堀井以为是水野博士那边已经传来了观测结果，所以兴高采烈地走进司令室。然而他马上感觉到司令室的气氛不对劲，众人脸上的表情都非常凝重，似乎有什么不好的事情正在发生。大家沉重地告知堀井，水野博士的飞机失联了，而大古正驾驶胜利飞燕一号前去调查，而云团的行踪非常奇怪，似乎准备降落地面。
众人你一言我一句地进行讨论，大家都已经把事情外最坏的结果去应对。大家的争论被堀井厉声喝止，堀井娓娓道出了水野博士此行的目的：
水野博士猜想那个云团可能是地球上空一种叫克里特的生物的巢穴，水野博士一生都在致力于对未知生物的探索，他渴望此次能亲自观察克里特的面貌来印证自己的猜想。但克里特一直生活在电离层，从未离地面如此之近。
说话间的同时，大古也传来了讯息，那个云团似乎有生命反应，这时，大古的一号机也受到强烈的电磁波的干扰与总部失去了联系，事态开始变得非常紧急。宗方马上命令新城和丽娜驾驶二号机前去支援。
胜利飞燕二号密切监视着云团的动向为了能探明云团内部的情况，堀井通过卫星连接上了燕雀号的主机，根据卫星图像显示，里面的确有巨大的生物反应，而更震惊的是，燕雀号已经被破坏成了碎片。
此时，云团急速地坠落到地面，怪兽加佐特破茧而出，开始大肆破坏城市，大古的胜利飞燕一号也在茧内，但保存仍然完好，大古因为受到攻击陷入昏迷，而燕雀号却已经支离破碎。胜利飞燕二号向加佐特发动攻击。
堀井经过思考，终于弄明白了克里特为什么会降落到地面。人类活动产生的大量电磁波破坏了克里特的生存环境，还使克里特变异成了现在的怪兽加佐特
但堀井仍然对水野博士的遗志难以释怀，他恳求队长可否允许自己与克里特沟通来避免这次冲突，毕竟大家都是地球上的生物，没必要兵戎相见。虽然最终能否成功不得而知，但对未来始终抱有美好的幻想不正是一名科研工作者所应具备的优秀品质吗？
另一边，加佐特仍在疯狂的破坏街道，加佐特将目标瞄准了正在疏散的人群，它企图将人类吃掉。胜利飞燕号的攻击毫无进展，最后还被加佐特击落，局势变得越来越严峻。
司令室内，堀井利用语言翻译机翻译出了克里特的预言，并开始与克里特交流。加佐特暂时停止了攻击，它在四处寻找与自己对话的人。堀井为了能更近距离地与加佐特的对话，申请前往现场。
在超光速的移动下，很快奈克瑟斯就回到了地球上。
丽娜和新城一边疏散人群一边与怪兽作战，这时，堀井驾驶一号机赶到，他不顾新城的阻挠执意要接近加佐特与其沟通。居间惠队长看着固执的堀井，产生一丝隐隐的担忧，她其实对堀井的计划并不抱太乐观的希望，但作为队长，她又对堀井十分信任，或许是出于对堀井作为一名科学家的严谨态度的欣赏，她愿意给堀井一次尝试的机会。
堀井与加佐特取得了沟通，他想方设法安抚加佐特的情绪，表示大家都是地球上的朋友，但令人震惊的是，加佐特表示朋友使自己的美味佳肴。堀井对翻译机翻译出来的内容感到不解，而居间惠队长则敏锐地意识到，克里特很可能是通过相互捕食同类来生存的，这刚好应验了队长的担忧，克里特与人类的思维方式截然不同。加佐特开始向堀井逼近，它企图吃掉堀井，身后的丽娜无助的向加佐特攻击，但毫无作用。也许是感应到了丽娜的呐喊，胜利飞燕一号中的大古突然从昏迷中惊醒，他迅速变成迪迦击倒了加佐特，解除了堀井的危机。
看到迪迦出现之后，奈克瑟斯把水野博士三人放在地面上，然后一个空翻来到迪迦身边，准备跟迪迦一起对付加佐特。
两奥分别对加佐特发起攻击，加佐特面对两个奥特曼也是丝毫不敢大意。最重要的是现在它想偷袭也是根本做不到的。为了不受伤，大古果断选择了用强力型上去近身战斗，而奈克瑟斯在一边发射光线配合迪迦。
在加佐特经历了几个抱摔之后，在迪迦和奈克瑟斯的必杀光线下变成了渣渣灰。
而这边堀井看到水野博士还活着也是一脸惊喜，本来他还很好奇他们为什么能活下来，但是后来回到总部的时候发现林诺是跟大古一起回来的，然后这件事就这么过去了，反正水野博士活着就好。
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