张寔率部南进讨伐曹祛，赶走了曹祛。
张坦从京师赶回，晋怀帝特下诏慰劳张轨，依准司马模所奏，下令诛杀曹祛。
张轨大喜，赦免州内死罪以下的叛党。
张轨命令张寔率尹员、宋配领步兵骑兵三万余众讨伐曹祛，另派从事田迥、王丰率百骑兵从姑臧西南出石驴，占据长宁。
曹祛派麹晁在黄阪一线设防抵抗张寔大军。
张寔从隐秘小道通过浩亹，在破羌与曹祛交战。
张轨斩杀曹祛及其牙门将田嚣。
张轨派治中张阆送五千义兵及郡国秀才孝廉、赋税账簿、器甲土产交付京师。
命令主管官吏详细察问凉州自建州以来，高洁纯正遗弃富贵退隐世外以保持节操者。
高才硕学著述经史者。
为国为君临危不惧杀身殉义者。
忠心进谏而获罪者。
交涉应对随机行事而避免祸患者。
武勇机智为时世排除灾难者。
奸谄误主陷害忠贤者。
等等都用文状呈报到州府。
凉州父老莫不庆贺。
光禄卿傅祗、太常挚虞送信给张轨，告诉京师饥荒匮乏，张轨马上派参军杜勋给朝廷献马五百匹、毯布三万匹。
晋怀帝派使者进拜张轨为镇西将军、都督陇右诸军事，封霸城侯，又升张轨为车骑将军、开府辟如、仪同三司。
授封的文书未到，而王弥就兵临洛阳，张轨派将军张斐、北宫纯、郭敷等率精锐骑兵五千人来保卫京师。
及至京师陷落，张斐等皆被贼军杀害。
中州人纷纷逃到凉州避难，张轨分割武威一部分设立武兴郡，又分西平郡（今青海西宁市）界置晋兴郡以收容流民。
太府主簿马鲂向张轨进言道：“四海动荡，天子未得反正，明公率凉州之兵直捣平阳，必将所向披靡，有征无战。不知明公担心什么而不采取这一行动？”
张轨道：“这正是我所想的事。”
?同时，张轨亦继续支持西晋，晋怀帝被掳到平阳后，张轨曾打算倾一州之力进攻平阳。
不久，秦王司马邺进入关中，张轨便迅速传檄至关中，檄文道：“主上遇险，流落贼营，普天分崩，举国丧气。秦王司马邺天资卓越圣明仁德，神机武断以应天时。世祖之孙中，秦王今为长者。凡我大晋之人，食粮之民，占卜取卦克期效忠，光明险恶同心同步。应选择吉日，奉尊秦王登基继位。今日派前锋督护宋配率步兵骑兵二万，直抵长安，护卫天子，击退左右之敌。西中郎将张寔率中军三万，武威太守张琠率胡人骑兵二万络绎进发，将于仲秋中旬在临晋会师。”
次年，秦王司马邺被立为皇太子，派使者前往凉州拜张轨为骠骑大将军、仪同三司，张轨坚决辞谢。
秦州刺史裴苞、东羌校尉贯与占据险要与朝廷断绝往来，张轨命令宋配率兵讨伐。
西平人王叔与曹祛余党麹儒等威逼前福禄令麹恪为君主，逮捕太守赵彝，与东边的裴苞等人相呼应。
张寔回师讨伐，斩杀麹儒等。
左督护阴预与裴苞在狭西交战，大败裴苞，裴苞逃到桑凶坞。
这一年，北宫纯投降刘聪。
皇太子派使者向张轨重申先前的授命，张轨坚决推辞。
左司马窦涛向张轨进言道：“周公旦封于曲阜而不辞，姜子牙封于营丘而受命，这就是所谓明确国家法令，奖励有大功者。天下崩溃，主上流亡，凉州虽为边远之州，但明公不忘匡扶朝廷，因此朝廷推诚相待，嘉奖任命再三传送至州。明公应遵从朝廷旨意，以满足众人之心。”
张轨依旧坚决不从。
当初，张寔平定麹儒，将首恶六百余家改迁别处。
治中令狐浏道：“清除恶人，如同农夫除草，务必锄去草根，使草不能再滋生成长。今日应将叛党之家全部迁走，以绝后患。”
张寔未加采纳。
麹儒余党果然反叛，张寔进兵平定了此乱。
永嘉七年（年），晋怀帝被杀，司马邺继位，是为晋愍帝，并升张轨为司空，张轨坚辞不受。
太府参军索辅向张轨进言道：“从前用金贝皮币作买卖货币，消除了用粮食布帛度量交换的损耗。两汉制造五铢钱，贸易流通不息。泰始年间（年―4年），河西地区荒废不堪，便不再使用钱币，割布分段来计钱数。绢布既被毁坏，交易起来又困难，只会徒然破坏女工的作业，使布帛不能制作衣服，实为严重的弊病。如今中州虽战乱不休，但凉州安定，应恢复使用五铢钱以畅通买卖贸易。”
张轨采纳这一建议，建立制度，以布帛为标准，用钱交易，钱币便大为流行，凉州百姓获得便利。
同时，刘曜寇犯北地，进逼长安，张轨又派参军麹陶率三千人马保卫京都长安。
建兴二年（4年），晋愍帝派大鸿胪辛攀拜张轨为侍中、太尉、凉州牧、西平公，张轨又坚决辞谢。
同年五月，张轨卧病不起，临终前留下遗言道：“我平生对他人无甚恩惠，今日疾病垂危，大概命将告终了。我死后，文武将佐都应尽忠尽义，务必安抚百姓，上报国家，下安家室。我死后以普通棺木从简安葬，墓中不藏金玉。好好辅助我儿安逊（张寔的字），听从朝廷旨意。”
上表朝廷请求立其子张寔为世子。
五月己丑日，张轨去世，终年六十，葬于建陵，朝廷追赠侍中、太尉，谥号为武公?。
张轨的亲信部下及后拥立张轨长子张寔继任了凉州牧之职。
曾孙张祚僭号，追谥为武王，庙号太祖。
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