之后每一日，孙悟空还会与师兄们学言语礼貌，讲经论道，习字焚香，这也是儒家少年儿童教育的内容。如是者过了七年，孙悟空希望学习一些更高级的课程。菩提祖师给孙悟空列出包涵三教九流的多种课程，只是孙悟空记挂着长生之法，一概不想学。见孙悟空这也不学、那也不学，菩提祖师“怒”了，他打了孙悟空的头三下，然后倒背着手走入里面，并把中门关上。孙悟空的师兄们见师父不讲学走了，也埋怨孙悟空，这里包食宿、免费教学，怎么还诸多要求。只有孙悟空暗喜，知道祖师打他三下是教他三更时分存心，倒背着手走入里面并把中门关上，是教他从后门进步，秘处传他道。这样学习了三年后，未卜先知的菩提祖师又对孙悟空作了一些警告，他告诉孙悟空：徒弟五百年之后会被天雷打，那时候需要见性明心，预先躲避；再五百年后，会被阴火烧；再五百年，会被贔风吹。雷劫、火劫、风劫，是佛、道两家所谓的“三劫”，在这里暗示各种磨难对人心的历练。菩提祖师认为要通过见性明心去通过这些历练，不能通过的话，所谓多年修行都只是虚幻。所谓见性明心，即见到自己本来的真性、发现自己的真心。
之后，孙悟空又学了“七十二变”。这暗示了君子不器的道理，就是说明白了基本的道理，作用不会仅仅限于某一方面，而通于各种变化。后来，菩提祖师又教孙悟空“筋斗云”，还为我们解释了“爬云”与真正的腾云驾雾的区别，让人想到宇宙速度的级数区别。孙悟空认为筋斗云很难，菩提祖师说了一句传诵千古的话：“世上无难事，只怕有心人。”很多人不知道这句话出自《西游记》，更不知道这句话是通俗的心学宗旨。
一个筋斗云可以去十万八千里，108000又是一个值得注意的数字。一个正常成年人的心跳平均是每分钟75次，那么一天下来，心跳次数就是75X60X24=108000（次）。玄奘取经的路程也是十万八千里，这是比喻，人每天都是一次修行。
见孙悟空本事学得差不多了，菩提祖师就让他从那里来就到那里去，并警告孙悟空以后不要向别人提起菩提祖师。如果有人问起孙悟空其本事在哪里学来，他大概可以如程颢所说，“自家体贴出来”。
在玄奘的潜意识中，心猿既然学成归来，应该试试本事，这样才能对他日后对付取经路上的心魔更有信心。于是，孙悟空遇到了他第一个对手：混世魔王。混世魔王比喻人性中吃喝玩乐之心，这无疑是修心养性的要面对的基本问题。
解决了混世魔王后，孙悟空需要更一步成长，强大起来。某个晚上，取经人在山中打坐，潜意识中的世界又热闹起来。
作为大王，孙悟空很称职，他想到一个势力强大了必然会和其它势力发生冲突，甚至还更进一步想到会引起战争。现在花果山猴子集团像一个国家了，所谓“兵者，国之大事，死生之地，存亡之道，不可不察也”，他于是使神通从傲来国弄来兵器让猴子们操练。
人类值得骄傲是人心，因为人心包含着天理，它使人类有别于其它生灵。兵器象征人类的各种本能，它们都是由心操控。
孙悟空应该用什么武器呢？有猴子建议他去东海龙宫向龙王要。孙悟空在东海说了一句石破天惊的话：“吾乃花果山天生圣人孙悟空！”在心学看来，人的天性是善的、人天生就有成为圣人的潜能，所以说“满大街都是圣人”、“人皆可以为尧舜”。因此，孙悟空这句话用的是心学弟子的口吻。
龙王让他拿大禹治水时，定江海深浅的一个定子，它寓意人对大自然的改造，孙悟空用它作为武器合乎全书对人的能动性的赞扬。孙悟空把定海神铁变细几圈，见上面写着一行字：如意金箍棒重一万三千五百斤。意由心而来，是心的声音，明代心学大师王守仁（阳明）认为“有善有恶意之动”，那么，如意即是希望意是善意。作为大禹治水的定子，金箍棒代表了人类的劳动对大自然的改造。
如意金箍棒为什么是一万三千五百斤而不是其它重量呢？这是因为：一，上一章提到孙悟空三个五百年即一千五百年要经过三次劫难，通过些劫难才能如意；二，在《易经》中，“九”是阳数之极，它与居正中的“五”合起来象征帝王的权威，在心学看来，自己的本心才是最高的权威。因此，如意金箍棒的重量是九乘以一千五百，即一万三千五百。补充一下，孙悟空两大神通，七十二变、筋斗云（能行十万八千里）的关系数字七十二、十万八千都是九的倍数。棒，也被称作“棍”，为无刃的兵器，素有“百兵之首”之称，是人类最早的兵器及生产工具。一般兵器象征人类的各种本能，如意金箍棒即象征能够一以贯之的根本道理。
大闹海界之后，孙悟空在醉酒状态下被拉到冥界，喝醉酒容易出事啊。孙悟空在冥界判官的一本生死簿中的一千三百五十号上找到自己的名字，可见“一三五”这个数字已经是玄装心中的一个重要数字。孙悟空看到生死簿上讲自己寿终了，于是把自己的名字一笔勾销。
东海龙王、冥界的秦广王（十殿阎罗之一）向玉皇大帝告状，希望擒拿孙悟空治罪。对于孙悟空的来历即本事来源，玉帝不解，太白金星出来解释，他讲到：“上圣三界中，凡有九窍者，皆可修仙。”所谓九窍，指两眼、两耳、两鼻孔、口、前阴尿道和后阴肛门，人及高级点的动物都有九窍。有九窍的动物，从进化角度来说，它们是进化的高级阶段了，因而有更进一步的可能。九窍在玄奘的幻想中，代表着人欲，所以象征人欲的形象猪八戒用的武器就是“九齿钉耙”。
修仙，其实是不沉沦于动物性，向神性靠拢，用理学的话说，是存天理。修仙在西方哲学中有这样的解释：人走在绳索上，一边是动物，一边是超人，不是走过去成为超人，就是倒回去成为动物。
玉帝听了太白金星的话，决定招安孙悟空。