当初，张遇从许昌来投降，苻健娶张遇的后母韩氏为昭仪，常常在众人面前对张遇道：“卿就是我的儿子。”
张遇羞愧怨恨，带领关中诸将想以雍州归顺东晋，就和苻健的中黄门刘晃密谋夜袭苻健，最终事情泄露，遇害。
这时孔特便在池阳起兵，刘珍、夏侯显在鄠起兵，乔秉在雍城起兵，胡阳赤在司竹起兵，呼延毒在霸城起兵，有几万人，都派人到征西将军桓温、中军殷浩处求救。
后孔特被苻雄斩杀。
永和十年（皇始四年，4年），桓温率军四万指向长安，派遣偏将进入淅川，进攻上洛，抓获苻健的荆州刺史郭敬，派司马勋攻占西部边邑。
苻健派太子苻苌率领苻雄、苻菁等领兵五万，在尧柳城、愁思堆抵抗桓温。桓温转战而来，驻扎在灞上，苻苌等退兵在城南扎营。
苻健率弱兵六千人固守长安小城，派精锐部队三万人作为机动作战的兵力抵御桓温。
长安附近的郡县多数投降桓温。
苻健另派苻雄率领七千骑兵，在白鹿原与桓冲交战，桓温的军队战败，又在子午谷击败司马勋。
当初，苻健听说桓温要来进攻时，就收割地里的麦子坚壁清野等着他们来，因此桓温军非常缺粮。
到此时，迁徙关中居民三千余户而回。
等到了潼关时，又被苻苌等人打败，司马勋逃回汉中。
同年（4年），西虏乞没军邪派儿子入侍，于是苻健在平朔门设来宾馆以怀柔远方之人。
新平县有个高个子的人出现，对百姓张靖道：“苻氏应天受命，现在正当太平，在外的归附中间就能安泰。”
问他的姓名，不回答，一会儿就不见了。
新平县令报告了这件事，苻健认为是妖怪，把张靖关进监狱。
正碰上大雨不停，黄河、渭水涨水，蒲津监寇登从河中得到一只木屐，有七尺三寸长，与人的脚印相像，脚趾有一尺长，脚印有一寸深。
苻健叹息道：“天地间什么东西都存在，张靖所说的一定不假。”
苻健就赦免了张靖他。
蝗虫大起，从华泽到陇山，把各种草木都吃光了。
牛马互相吃身上的毛，猛兽和狼吃人，路人断绝。
苻健自行免除百姓的租税，减少膳食撤去乐器，穿白衣避开正殿。
在杜门建起灵台。
与老百姓约法三章，薄征赋税不大修宫殿，专心于政事，优待礼遇老年人，崇尚儒学，关右可算得上获得复苏生息的时机。
当初，桓温入关时，苻健太子苻苌与桓温交战，被流箭射中，不久而死，到此时（年），立儿子苻生为太子。
同年六月初六，苻健卧病，苻菁率兵进入东宫，想杀苻生自立。
这时苻生正在伺候苻健的病，苻菁以为苻健已经死了，回兵进攻东掖门。
苻健听说发生叛乱，登上端门布兵排阵，苻菁手下的人都丢下武器四散而逃，抓住苻菁杀掉了。
六月十二日，苻健任命大司马、武都王苻安为都督中外诸军事。
十四日，苻健召唤太师鱼遵、丞相雷弱儿、太傅毛贵、司空王堕、尚书令梁楞、左仆射梁安、右仆射段纯、吏部尚书辛牢等人前来接受遗诏辅佐朝政。
苻健对太子苻生道：“六夷酋长将帅以及大臣中握有权力的人，如果不听从你的命令，就应该逐渐把他们除掉。”
六月十五日，苻健去世，年仅三十九岁，在位五年。
谥号明帝，庙号世宗，葬于原陵。
宣昭帝苻坚继位，改谥景明帝，庙号高祖。
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