由此吴地之人望风顺附，百姓归心。
从此之后，他们相互依靠，君臣的名分就确立了下来。
永嘉五年（年），汉国大将刘曜、王弥攻破洛阳，俘晋怀帝，杀王公以下士民三万余人，北方陷入空前的战乱中。
洛京士女避乱江左者十之六七，王导劝司马睿乘机收揽贤人君子，扩大力量以图大事。
当时荆、扬二州比较安定，人口众多，物产丰饶，王导的治理方针讲求清静，常劝司马睿克己垂范励精图治，辅佐君主安宁邦国。
于是越发受司马睿的器重，两人之间的感情日益深厚，朝野之中都为之倾心，称王导为“仲父”。
司马睿曾对王导道：“你就是我的萧何呀！”
王导回答道：“过去秦朝无道，天下百姓厌弃乱世，而极为狡黠的人又欺凌践踏人民，人们感怀汉王刘邦的恩德，群起响应反秦，所以大功容易告成。自从曹魏立朝以来，直到晋太康时期，公卿士大夫及门阀世族，奢侈挥霍相互攀比，先贤政教逐步衰退，先朝治世法度，无人遵循，大小官吏，沉溺于享乐之中，才使得奸佞之人有机可乘，导致朝政大道亏伤。然而混乱后将会出现安定，这是天地间的规律。大王将要建立盖世之功勋，重新一统山河，管仲、乐毅这样的人才，这时就会出现，不是我们这样普普通通的臣子所能比拟的。希望大王能深谋远虑，广择贤能。顾荣、贺循、纪瞻、周玘，都是南方的名士，希望大王能对他们礼敬优待，则天下可安。”
司马睿采纳了王导的建议，从而逐渐赢得了南北士族的共同拥戴。
南渡士人桓彝在初到江东时，看到司马睿势力单薄，很为担心，对名士周顗说：“我因为中原多故，想到江南寻个安身立命之地，不料朝廷如此微弱，怎么办才好呢？”
当王导和他纵谈形势以后，他的态度有了变化道：“我见到了江左‘管仲’，不再忧虑了。”
晋室政治中心，自此逐渐南移江东。
永嘉南渡后，王导始终居机枢之地，王敦则总征讨于上游，王氏家族近属居内外之任，布列显要者人数甚多。
以王导、王敦为代表所构成的王氏家族势力在当时是非常牢固的，这使“王与马共天下”的局面在江左维持了二十余年，直到庾氏家族兴起，抑制王氏并凌驾于王氏为止。
永嘉（年－年）末年，王导迁任丹阳太守，加辅国将军。
王导上奏劝谏司马睿不要轻易赐予臣下鼓盖等礼崇之物，让尊卑雅俗有所区别。
司马睿下令嘉奖王导，拜他为宁远将军，不久又加振威将军。
建兴元年（年），晋愍帝司马邺即位，征王导为吏部郎，但他没有入朝就职。
建兴四年（年），刘曜围长安，月日，晋愍帝无奈出降，西晋亡。
建兴五年（年）4月日，司马睿承制改元，即晋王位（尚未称帝），改元建武，史称东晋。
任命王导为丞相军谘祭酒。
司马睿他广辟掾属以为辅佐，有“百六掾”之称。
不久拜王导右将军、扬州刺史、监管江南诸军事，又迁骠骑将军，加散骑常侍、都督中外诸军、领中书监、录尚书事，假节、刺史如故。
王导因为看到王敦统率六州，坚决辞掉都督中外诸军的职务。
后又因他事牵连，被除去符节。
农历六月，孤悬在北方的晋地方长官刘琨、段匹磾、刘翰等一百十人上书劝进。
建武二年（年）4月日，晋愍帝死于汉国的讣告传到江东，司马睿才于4月日即皇帝位（“上尊号”），改元太兴。
受百官朝贺时，司马睿再三请王导同坐御床受贺，王导再三辞让不敢当，说道：“如果太阳也和地下万物一样，那么老百姓该到哪里沐浴光辉呢？”
司马睿这才作罢，任命王导为骠骑大将军、仪同三司。
又因华轶叛乱被平定而受封武冈侯，进位侍中、司空、假节、录尚书事，领中书监。
王导就任司空时，桓彝梳起两个发髻，穿着葛裙，拄着拐杖，在路边观察他。
王导赞叹说道：“人们说阿龙出众，阿龙确实出众！”
王导不觉跟随到官府门口。
太山太守徐龛反叛时，司马睿访求可以镇抚河南（泛指黄河以南地区）的人，王导推举太子左卫率羊鉴。
不久，羊鉴战败受罚。
王导上疏称羊鉴系自己所举荐之人，为严肃朝廷法纪，应根据自己的举人不明予以贬黜。
司马睿下诏不许。
大兴二年（年），王导接替贺循担任太子太傅。
当时，东晋处于草创之际，朝中未设史官，王导执政时才开始设置，从此典籍史录就较齐备。
之前孝怀太子司马诠为刘曜所杀，于是奉其名讳，有司奏丧礼的规格，天子举三朝之哀，群臣一哭就可以了。
王导则认为皇太子是皇位的继承者，普天下都有悲哀之情，应该也哀伤三朝而非仅仅是一哭，这一建议被采纳。
东晋据长江中下游以及淮河、珠江流域地区。
司马睿即位后，因为在皇族中声望不够，势单力薄，所以得不到南北士族的支持，皇位不稳。
但是，司马睿他重用了王导。
王导运用策略，使南方士族支持司马睿，使北方南迁的士族也决意拥护司马睿，稳定了东晋政权，维持了偏安局面。
司马睿十分感激王导，任他为宰相，执掌朝政。
时人谓之“王与马，共天下”。
司马睿完全信任王导，叫他“仲父”，把他比作自己的“萧何”。
王导也经常劝谏司马睿克己勤俭，优待南方士民，与人为善。
司马睿喜爱琅玡王司马裒，有以他取代长子司马绍的想法，去征求王导的意见。
王导道：“立太子都是立长子，而且司马绍也很贤明，不应当随意改变。”
司马睿还是犹豫不决。
王导常常劝谏，司马绍的名分才得以确立。
当时战争不断，各地学校废弃而未能得到兴建，王导上书认为“风化之本在于正人伦，人伦之正存乎设庠序”，通过建学校来教化礼仪道德、巩固君臣及父子的纲常伦理，并以此招揽贤才，改变浮躁的风气，最终达成司马睿的“中兴”之业。
王导他建议择取朝中子弟入学，选拔博通礼学之士为师，成教化、定风俗。?
司马睿览奏后，颇为听信此议。
司马睿和王导在草创期上演了一场君臣相敬相爱的佳话。
琅琊王家也达到了权势的高峰，除了王导担任丞相，王敦控制着长江中游，兵强马壮。
四分之三的朝野官员是王家人的或者与王家相关的人。
另外，王家在南朝时期出了位皇后。
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