上回说到司马睿眼见王导、王敦兄弟权势越来越大，威胁到了自己的统治，然后想要进行打压，不料逼反了王敦。
王敦反叛时，刘隗很快便与戴渊相继赶回建康，并与刁协一同入宫，请求司马睿诛杀留在京中的琅邪王氏族人，人们议论纷纷，都为之担心，却被司马睿所拒绝。
当时，王导率宗族中兄弟子侄二十余人，每天天亮时到台阁处等待议罪领罚，最终都得司马睿宽恕。
司马睿因王导素来忠诚正直，特地还给他朝服，并召见了他。
王导叩首答谢道：“叛臣贼子，哪个朝代没有呢，但想不到会出在我们王氏家族中。”
司马睿赤着脚走下来拉着王导的手道：“茂弘，朕正要托付一国之命与你，你怎么说这样的话呢。”
司马睿于是下诏道：“王导以大义而灭亲，可以把我任安东将军时的符节授予他。”
但王导在此役中并未真正假节。
司马睿又命王廙去劝止王敦。
但王廙非但不能谏阻王敦，反而被王敦留下，协助王敦的行动。
就在当年三月，王敦大军逼近建康。
司马睿以右将军周札守卫石头城（建康军事要塞，在今清凉山一带），并亲自披甲出镇城郊，准备迎战。
而刘隗则戍守金城（在今江苏省句容市），作为外援。?
王敦欲先攻金城，打击刘隗。
杜弘却认为周札刻薄少恩不得军心，建议先取石头城。
王敦遂进攻石头城。
周札开城投降。
司马睿忙命刘隗、戴渊等率部反攻石头城，但皆大败而回。
太子司马绍闻听诸军皆败，欲亲率将士出城决战，被温峤谏止。
王导为保全王氏家族利益，暗助王敦。
刘隗、刁协率败兵回到台城。
司马睿给二人配备人马，让他们逃离建康，自寻生路。
刁协刚刚逃至江乘（治今江苏句容北），便被随从斩杀，首级送呈王敦。
而刘隗则逃回淮阴，但却遭到刘遐的袭击，只得率妻小亲信投奔后赵。
王敦起兵打的旗号是清君侧，而此时刁协伏诛、刘隗北逃，刘隗投奔石勒。
朝中“奸臣”业已清除。
但王敦他却继续拥兵石头城，不但不到台城朝见司马睿，反而纵兵四处劫掠。
王敦攻入建康，建康大乱，台城中的官员、卫士尽皆逃散，只剩安东将军刘超与两名侍中随侍在司马睿身侧。
司马睿无奈，只得遣使向王敦求和。
司马睿他命公卿百官到石头城拜见王敦，同时大赦天下，宣告王敦等无罪。
司马睿一败涂地，无奈之下，司马睿“脱戎衣，著朝服”，对王敦道：“你如果想当皇帝，早和我说啊，我把皇位让给你，还当我的琅琊王去。何苦让百姓跟着受苦呢？”
司马睿近似哀求的话，并没有抚平王敦的野心。
王导认为佞臣扰乱朝纲，同意王敦来“清君侧”，但当这些人被杀逐以后，帝室势力退缩回去，王敦还想进一步篡夺政权，王导便表示坚决的反对，出面维护帝室。
当初，长安陷没、四方劝进的时候，王敦想要把持国政，恐怕元帝年长难制，企图另立他人，王导不从。
不久，王敦便自己为自己加官进爵，自封为丞相、都督中外诸军、录尚书事，江州牧，封武昌郡公，食邑万户。
司马睿征讨王敦时，曾下令“有杀敦者，封五千户侯”，而王敦却把自己“封武昌郡公，邑万户”，无疑又将司马睿嘲弄了一番。