至此，朝政大权尽归王敦，司马睿被彻底架空。
王敦得志后，任用王导为尚书令。
司马睿皇帝徒具虚名而已，朝中任何事情都由王敦做主。
王敦看到太子司马绍有勇有谋，便想以不孝而废之，后因百官皆不从而作罢。
王敦攻入建康以后，对王导道：“那时不听我言，几乎全族被灭。”
但王导始终不为所动。
王敦掌权后，因戴渊、周顗素有人望，将二人收捕杀害。
当时，甘卓仍停驻于猪口。
王敦以朝廷的名义发出驺虞幡（绘有驺虞图形的旗帜，用以传旨解兵），命甘卓退兵。
甘卓担心继续进攻武昌会逼得王敦劫持天子，遂下令撤军。
乐道融与都尉秦康都认为应继续进军，并建议甘卓分兵截断彭泽湖口（彭泽湖长江入口，在今江西湖口），断绝王敦在建康与后方武昌的联系，然后一鼓解决王敦。
甘卓不听，径自撤回梁州。
随后，王敦又对朝廷官员及军镇将领进行了一番调整。
王敦当时驻兵石头城，一直不肯到台城朝见司马睿。
长史谢鲲试图劝说王敦，让他朝见天子，以消除君臣之间的隔阂。
但王敦却担心入朝时会发生变故，竟“不朝而去”，王敦无法实现他的野心。
四月，只好退回武昌，遥控朝政。
此后，王敦更加猖狂，以至于司马睿和他的朝廷成了摆设。
不久，魏乂攻破湘州，擒获司马承，将其用槛车解送武昌。
王敦命荆州刺史王廙在半路将司马承杀害，同时又指使襄阳太守周虑袭杀甘卓，控制了湘州、梁州这两个能够牵制江州的军事重镇。
而与此同时，沈充亦由吴兴攻入吴国（治今江苏省苏州市），杀死了吴国内史张茂。
王敦在武昌大肆谋害忠良，扶植亲党，后又自领宁、益二州都督。
王敦他还取消司徒一职，将司徒府官属全部并入自己的丞相府。
自从汉魏以来，朝廷赐谥号多是依据其人的封爵，有人虽然地位高德行声誉重，因没有爵位，按例不加封谥号。
王导上疏道：“武官有爵必定加谥，而卿校常伯等官因无爵不得其谥，这种做法不符合赐谥制度的本意。”
这一建议被采纳。
自此以后，公卿等文官没有爵位的也可加封谥号，这都是王导提议的结果。
司马睿见无法动摇王氏的权势，自己名为天子，号令却不出宫门，渐渐忧愤成病，卧床不起。
他想到大臣中只有司徒荀组对自己比较忠顺，就任命他为太尉兼领太子太保，打算让他参与朝政，钳制王导。
不料司徒荀组受任不久就病死，司马睿更加忧伤，病势加重。?
永昌元年闰十一月初十日（年月日），晋元帝忧愤病逝。
终年4岁，在位年。
谥号元皇帝，庙号中宗，葬于建平陵（江苏江宁）。
遗诏由太子司马绍继位。
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