下策为举兵东下，颠覆朝廷。
钱凤却认为下策才是最好的计谋，遂与沈充决定在王敦死后发动叛乱。
而与此同时，司马绍一面命侍中陈晷、散骑常侍虞騑去探问王敦病况，一面却微服到芜湖察看王敦大军的营垒预作讨伐的准备，还不断派遣大臣去询问王敦的起居。
太宁元年（年）六月，王敦将举兵向京师进发，晋明帝司马绍暗中得知，于是骑着巴滇骏马微服出行，到王敦驻地于湖，沿着王敦的营区走了一圈就出来了。
王敦的士兵发现了，道：“这不是普通人啊！”
这天王敦白天睡觉，梦见太阳绕其城，受惊而起，道：“这必定是黄胡须的鲜卑奴来了。”
司马绍的母亲荀氏是燕代人，司马绍状貌类似外族人，胡须黄色，所以王敦这样说。
于是王敦派五个骑兵去寻找追赶晋明帝。
晋明帝司马绍也策马奔驰而去，马拉粪时，就浇上冷水。
司马绍遇到旅舍卖饭的老妇，送给她一把七宝鞭，对她道：“后面有骑兵来，可把此鞭给他们看。”
过了片刻，追骑来到旅舍，问老妇，老妇道：“人已经走远了。”
老妇把七宝鞭拿出来给他们看。
五个士兵传递着玩赏，停留了很久。
五个士兵又见马粪是冷的，认为确实已走远，便停止追赶。
晋明帝司马绍因此得以脱身。
太宁二年（4年）六月，王敦以左司马温峤为丹阳尹，意图借此监视朝廷动静。
但温峤却将王敦的谋划尽数禀报给晋明帝司马绍。
司马绍当即决定讨伐王敦，亲自驻屯于台城宣阳门外的中堂，并作出一系列军事部署：
以王导为大都督，总领征讨诸军。
以郗鉴为卫将军，统领从驾诸军。
以温峤为中垒将军，与右将军卞敦负责守卫石头城。
以光禄勋应詹为护军将军，负责守卫建康城南的朱雀桥（秦淮河上的浮桥）。
命徐州王邃、豫州祖约、兖州刘遐、临淮苏峻、广陵陶瞻等边军镇将率部入卫建康。
司马绍为了消除将士对王敦的畏惧之心，对外宣称王敦已死，只是以钱凤为讨伐对象。
王导亦率宗族子弟为王敦发丧。
晋军将士对王敦的“死讯”信以为真，登时士气大振。
王敦大怒，遂以诛杀温峤等奸臣为名，再次举兵。
王敦他此时病势沉重不能领兵，便以王含为元帅，与钱凤、邓岳、周抚等率五万大军向建康进发，并暗示钱凤等在破城后杀死司马绍。
沈充亦于吴兴起兵，直趋建康。
王含、钱凤等军水陆并进，很快便攻至建康，屯于秦淮河南岸。
温峤移驻北岸，因宿卫兵力薄弱而所征边军尚未抵达，下令烧毁朱雀桥，与叛军隔河对峙。
王导期间曾试图劝降王含，但未能成功。
不久，司马绍出屯南皇堂，命将军段秀和中军司马曹浑等率数千甲卒，乘夜渡河袭击叛军，在越城（在今江苏省南京市）大败王含，斩杀其前锋将领何康。
王敦闻败震怒，欲强撑病体亲赴前线督战，最终因病重乏力而未能成行。
王敦在重病之中愤恨交加，当日便死在姑孰军府，终年五十九岁。
王敦他临终遗命，让王应先即位称帝再为自己操办丧事。
但王应却秘不发丧，只用草席包裹王敦尸身，外涂白蜡后埋于军府厅堂之中，而后便和诸葛瑶等纵酒行乐。
与此同时，沈充亦进至建康城外，与王含等部会合。
而刘遐、苏峻等部边军随后也都相继赶到建康。
沈充、钱凤等认为边军远来疲惫“未堪攻战”，遂领兵渡过秦淮河，想趁虚击溃边军。
沈充、钱凤他们虽一度攻至宣阳门外，但最终还是被边军打退。
王敦的死讯此时也逐渐传开，叛军顿时军心涣散。
王含、沈充等自知大势已去，遂连夜烧营溃逃。
司马绍命庾亮、苏峻等追击沈充，又命温峤、刘遐等追击王含、钱凤。?
王含、王应父子逃奔荆州，却被王舒溺杀于长江。
钱凤、沈充也相继被杀，首级传送京师。
司马绍又命起出王敦的尸首，焚毁其所着衣冠，摆成长跪的姿势斩首戮尸，随后将王敦、沈充等人的首级一同悬挂在城南朱雀桥上示众。
时为太宁二年（4年）七月，王敦之乱至此被彻底平定。
及后，司马绍积极准备京师建康的防护，最终于当年七月成功击败王敦派出、王含统帅的进攻建康的军队，平定了王敦之乱。
王敦之乱平定后，司马绍下令不再问罪于王敦一众官属，又分别以应詹为江州刺史、刘遐为徐州刺史、陶侃为荆州刺史、王舒为湘州刺史，重整各州形势，消除王敦以琅琊王氏宗族占据诸州以凌弱皇室的失衡情形。
王导被晋封为始兴郡公，食邑三千户，赐绢九千匹，进位太保，司徒之职依然如前，特许他剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名。
但王导坚决推辞不接受。
一次，王导和温峤一起谒见司马绍，司马绍问温峤前代统一天下的原因是什么。
温峤还没有回答，一会儿，王导道：“温峤年轻，还不熟悉这一段的事，请允许臣为陛下说明。”
王导就一一叙说晋宣帝司马懿开始创业的时候，诛灭有名望的家族，宠幸并栽培赞成自己的人，以及晋文帝司马昭晚年杀高贵乡公曹髦的事。
司马绍听后，掩面伏在坐床上，道：“如果像您说的那样，晋朝天下又怎能长久呢！”
太宁三年（年）三月初二日，司马绍立长子司马衍为皇太子。
闰月十九日（月日），司马绍健康状况不佳，召太宰、西阳王司马羕、司徒王导、尚书令卞壸、车骑将军郗鉴、护军将军庾亮、领军将军陆晔、丹杨尹温峤，一起接受遗诏，辅助皇太子司马衍。
闰月二十五日（月日），司马绍病逝于东堂，享年二十七岁。
闰月二十六日（月日），皇太子司马衍即皇帝位，是为晋成帝，为父亲司马绍上谥号为明皇帝，庙号肃祖。
九月十一日，司马衍将司马绍按葬于武平陵。
王祥、王戎、王衍、王敦、王澄、王导、王绥、王玄是西晋时期琅琊王氏的位杰出人物，合称王，同时期的河东裴氏则有裴徽、裴康、裴楷、裴绰、裴瓒、裴遐、裴頠、裴邈并称裴。
时论常将裴与王并论，即“裴方王”，其中与裴瓒相对比的就是王敦。
(各位大侠，大家好！每位作家都是顶着巨大的生活压力来写作，为了能给大家写出一部精彩的故事情节，你们的支持和投票，收藏就是我继续写下去的动力。希望你们多多支持，多多打赏，谢谢大家！）
。